En la década de 1960, el club obtuvo cinco campeonatos más. El primero de ellos en 1960, tras empatar sin goles con Sport Boys del Callao, la «U» consiguió el campeonato tras 11 triunfos, 3 empates y 4 derrotas en 18 encuentros, logrando así su segundo bicampeonato. El 19 de abril de 1961, el club debutó en la Copa Libertadores de América en un encuentro disputado en la ciudad de Montevideo ante el Club Atlético Peñarol, que finalizó con marcador de 5:0 a favor de los locales. A pesar del resultado, los cremas se convirtieron en el primer club peruano en participar en dicho torneo. El 14 de mayo, disputó su segundo encuentro en la Copa Libertadores, contra el mismo rival, con marcador de 2:0 a favor de los merengues, aunque fue eliminado del torneo por el marcador global. Luego de ocupar el tercer lugar en los campeonatos de 1962 y 1963, el club se alzó nuevamente con el título en 1964, con nueve puntos de ventaja sobre el segundo lugar, ganándose el derecho a participar por segunda ocasión en la Copa Libertadores. En 1965, la Federación Peruana de Fútbol permitió la participación de equipos de todo el país en el campeonato y al año siguiente nació el denominado Torneo Descentralizado de Fútbol. Un año después, bajo la conducción de Marcos Calderón, el club obtuvo su décimo primer campeonato tras 19 victorias, 3 empates y 4 derrotas, adquiriendo así el derecho de ser llamado el Primer Campeón del Fútbol Peruano(pues anteriormente sólo se disputaban torneos a nivel provincial o departamental). Ese mismo año debutaron en el club Héctor Chumpitaz y Roberto Challe.EL TRI CAMPEONATO:
El 30 de enero del 2000, se disputó la Copa El Gráfico-Perú entre Universitario de Deportes y la Universidad de Chile, el encuentro finalizó con el marcador de 1:0 a favor de los peruanos. El autor del gol fue José Guillermo del Solar. El 2 de julio se inauguró el Estadio Monumental con capacidad para 80.093 espectadores (considerado como uno de los estadios más modernos de Latinoamérica) con una victoria de Universitario por 2:0 frente al Sporting Cristal, en un encuentro válido por el campeonato profesional peruano de ese año. Este estadio reemplazó al antiguo Estadio Lolo Fernández como sede principal de los encuentros de la «U» en el campeonato nacional; los cremas se coronaron por tercera vez consecutiva campeones del fútbol peruano y totalizaron 100 puntos entre el Torneo Apertura y el Torneo Clausura. El club salió campeón ante Juan Aurich de Chiclayo, goleándolo 5:0. Fue el primer campeonato que obtuvo siendo local en el Estadio Monumental de Lima. Los goles fueron anotados por Piero Alva (2), Eduardo Esidio (2) y Gustavo Grondona. Además el brasileño Esidio se consagró como máximo goleador en una temporada de la Primera División del Perú con 37 goles, y segundo máximo goleador a nivel mundial en el año 2000.
